De Duitse inval in mei 1940 luide het begin in van de Jodenvervolging in Nederland en de gemeente Sneek. In de gemeente en omgeving waren op 1 oktober 1941 68 Joden geregistreerd.
In Sneek werden al vroeg groepen en individuen actief die Joodse en andere burgers hielpen onderduiken. Ongeveer 25 Joden kozen ervoor om openlijk te blijven wonen in de stad. In het begin van maart 1943 waren de Duitsers van plan om alle Joden in Sneek op te pakken. Gelukkig kon de verzetsgroep Lever enkele uren voor de razzia de Joods inwoners waarschuwen. Een aantal Joodse inwoners inclusief de rabbijn en zijn vrouw doken onder. De rest, waaronder bejaarden, kozen ervoor om niet onder te duiken. In de avond werden zij opgepakt en via Leeuwarden naar concentratiekampen gedeporteerd.
Tijdens een razzia in november 1944 werd de toegangsdeur van de synagoge en het interieur inclusief de glas en lood ramen vernield. Na de oorlog is de joodse gemeente van Sneek niet heropgericht. De restanten van de synagoge werden in 1949 afgebroken; een jaar later werd de joodse gemeente van Sneek bij die van Leeuwarden gevoegd. De kandelaar en een voorhang werden aan Kfar Batya in Israël geschonken.
Ongeveer de helft van de Joodse inwoners heeft de oorlog overleefd door onder te duiken, te vluchten of anderszins. Een zeer groot percentage in verhouding tot de Nederlandse Joden, van wie slechts een kwart het er levend afgebracht heeft. Behalve de ’eigen’ Joden heeft het verzet nog talloze anderen laten onderduiken in de stad en wijde omgeving. Slechts zeer weinigen zijn verraden en alsnog gepakt. De onderduikgevers en pleegouders stonden pal voor hun beschermelingen en de bevolking als geheel werkte van harte mee.
De gedenksteen achter in de tuin van het Gemeentehuis van Sneek is onthuld op 19 juni 1995 door de heer Ernst Pino, een van de weinige leden van de Sneker familie Pino die de Tweede Wereldoorlog overleefden. De synagoge zelf stond in de Kruisbroederstraat, hier is een steen met een plaquette en Davidster te vinden.
