Onze oorspronkelijke St. Franciscusparochie is in 1598 gesticht door minderbroeders Franciscanen. Aanvankelijk was er slechts een schuilkelder op de Stins van de adellijke familie Terwisscha in Ter Idzard. In 1745 werd met steun van diezelfde familie Terwisscha door pater Leonardus Herbrant een kerkje in Oldeholtpade gebouwd. De kerk werd naar de H. Franciscus van Assisië genoemd, vanwege de Franciscaanse zielzorgers in de parochie.
Op 1 oktober 1859 wordt pastoor Lucas Mulder geïnstalleerd. Tegelijkertijd met zijn benoeming krijgt hij van de bisschop de opdracht tot de bouw van een nieuwe kerk mét pastorie en de aanleg van een eigen katholiek kerkhof in Wolvega, op dezelfde plek waar de kerk nu staat. Op 13 october 1861 werd hier de eerste mis opgedragen.
In 1880 werd er een kapel op het kerkhof gebouwd, een geschenk van Jonkheer Lycklama à Nijholt. Hij had deze kapel gezien op de wereldtentoonstelling in Parijs en laten overbrengen naar Wolvega, waar hij begraven wilde worden in de grafkelder van de kapel.
In 1913 werd geconstateerd dat de staat van de kerk zo slecht en gevaarlijk was, dat men zijn onderkomen moest zoeken in een noodkerk. Er werd onder deken Vaas besloten een nieuwe kerk te bouwen, die 21 april 1914 ingewijd werd. Op 26 februari 1937 werd Jurriën Scholtens geïnstalleerd als pastoor te Wolvega en deken van het dekenaat Heerenveen. Er werd toen al gedacht aan uitbreiding of vervanging van de toenmalige kerk. Besloten werd in 1938 tot nieuwbouw met pastorie en een parochiehuis, waarbij de toren zou blijven staan. Twee jaar lang werd weer gebruik gemaakt van een noodkerk. Op 8 oktober 1938 vindt de eerste steenlegging voor de nieuwe kerk plaats en op 12 juni 1939 is de kerk door Mgr. de Jong ingewijd.
Broeder Aquino van Dijck heeft in 1963 bij het 50-jarig priesterfeest van Mgr. Scholtens de ramen in de Maria kapel ontworpen en gemaakt, in opdracht van het toenmalige parochiebestuur, als geschenk van de parochie.
