De 'skyline' van Hindeloopen wordt al van kilometers afstand bepaald door deze Grote Kerk. Deze oude kerk van Hindeloopen werd in 1570 tijdens de Tachtigjarige Oorlog verwoest. De kerk was gewijd aan Sint-Gertrudis. Omstreeks 1590 werd de kerk herbouwd, uit deze periode dateert ook de kerktoren die gereed was in 1593. Daarna werd de kerk een aantal keren verbouwd, waaronder in 1632 toen de kerk een groter gebouw kreeg. In 1658 werd er in zuidelijke richting uitgebreid tot een tweebeukige hallenkerk. Die uitbreiding is helaas in 1892 weer afgebroken. Uit dit jaar stammen ook de rondboogvensters van de kerk.
De torenspits ging in 1701 na een blikseminslag verloren. In 1724 werd als bekroning van de toren de huidige spits op de toren geplaatst. Boven op de achtkantige spits is een koepeltje aangebracht met een windvaan in de vorm van een zeilschip. De bekroning van de toren werd ontworpen door Claes Piters. In 1685 werden luidklokken in de toren geplaatst, die gemaakt waren door de klokkengieterij van Petrus Overney in Leeuwarden. Van deze twee klokken kon na de bevrijding één exemplaar worden teruggevonden.
De kerk is erkend als Rijksmonument onder meer vanwege de markante ligging, de visuele waarde, de ouderdom, de waardevolle onderdelen van het interieur en de architectonische vormgeving.
